Provo a ricapitolare, posto che nella prima lezione di SWITCH Jody ha registrato un tutorial che trovi nella tua area riservata nel quale spiega e mostra come gestire i file di configurazione, ma effettivamente non accenna al vlan.dat:
1. Le configurazioni iniziali, initial configs, sono quelle per le quali specifichi il path nel file .net con il paramentro cnfg se dynamips al suo avvio trova queste config carica SEMPRE queste config tralasciando il resto
2. Quando salvi su un apparato con copy run start , e poi dalla console dynagen digiti save APPARATO, nel file .net viene scritta la configurazione che trovi dopo il parametro configuration, la configurazione è compressa quindi incomprensibile nel file .net, ma puoi verificare la sua presenza. Se all'avvio di dynamips viene trovata la configurazione iniziale specificata in cnfg, questa vince sulla configuration
3. Le vlan, così come le impostazioni VTP vengono salvate nella directory working che simula la NVRAM e la flash, quindi se vuoi pulire questa configurazione devi cancellare la working.
Spero che la cosa ora sia più chiara.